Bei der gleichzeitigen Verwendung von jQuery und Prototype gibt es Konflikte bei der Verwendung von „$“-Funktionen. Die Klassenbibliothek Prototype wird z. B. von der JavaScript-Bibliothek script.aculo.us benötigt.

Um beide Bibliotheken auf einer Seite zu verwenden kann ein Alias von jQuery erstellt werden:

var $jq = jQuery.noConflict(); // Give $ back to prototype.js; create new alias to jQuery.

jQuery-Funktionen können nun mit „$jq“ anstelle von „$“ aufgerufen werden.